Ifølge forskningsenhedernes vedtægter skal lederne være alment praktiserende læger og fungere under landsoverenskomsten mellem Praktiserende Lægers Organisation og Sygesikringen i Danmark. Lederne fungerer under ansvar over for en bestyrelse, der består af to medlemmer fra Praktiserende Lægers Organisation og to medlemmer fra Sygesikringens Forhandlingsudvalg under Danske Regioner.

Bestyrelsen nedsætter et fagligt råd, som er sammensat af repræsentanter fra universiteternes almen medicinske institutter/afdelinger, Dansk selskab for almen medicin, Statens Sundhedsvidenskabelige Forskningsråd, Sundhedsministeriet og Sundhedsstyrelsen. Det Faglige Råd har til opgave at vejlede vedrørende den forskningspolitiske linie, og rådet følger løbende den igangværende forskning.

Forskningsenhederne skal så vidt muligt have lokaler i tilknytning til de tre universiteters institutter/afdelinger for almen medicin med henblik på samarbejde.